不孕子宫内膜异位症患者不孕率可高达40％。重度子宫内膜异位症患者不孕的原因可能与解剖结构的改变有关，一般子宫内膜异位症很少侵犯输卵管的肌层和粘膜层，故子宫输卵管造影多显示双侧输卵管通畅。但病灶的反应使盆腔内器官和组织广泛粘连，输卵管变硬僵直，影响输卵管的蠕动，从而影响卵子的排出、拣拾和精卵的输送，如周围病变严重还可导致输卵管伞端闭锁。此外，输卵管内子宫内膜异位症病变也可起到直接的影响。三桥直树报道，在诊断为输卵管梗阻而行显微手术切除输卵管段的病理学检查中发现有16．7％有子宫内膜异位病变，轻度子宫内膜异位患者，输卵管和卵巢均未受累，且无其他不孕原因，也可导致不孕，说明不孕的原因绝非单纯局部解剖异常所致。