自19世纪确立子宫内膜异位症以来，至今对其病理生理学仍未最终阐明，因而对其处理也存在许多不一致的观点，对晚期症状明显或要求生育的妇女，其治疗方法一致，而对早期病变的年轻妇女合并不孕症的处理则看法不一，由于缺乏大样本的前瞻性、多中心性的临床对比研究，使得对外科手术的治疗效果也不能得到科学的判断。目前，治疗的目的主要是针对疼痛和不孕。

　　外科手术是唯一可以根治本病的手段。由于腹腔镜的普及使用，使得本病得以早期诊断，加上其与不孕的密切关系，因此，对年轻而又有生育要求的患者来说，保守性的外科治疗，越来越显得重要。保守性手术治疗的目的大致有以下几点：①清除病灶和粘连；②恢复正常解剖关系；③止血；④非创伤性和整形手术。

　　合并不孕症患者的手术治疗以保留患者的生育功能为标准。手术的途径也由过去的唯一剖腹途径扩大为经腹腔镜手术，近来，更发展了腹腔镜下的显微手术，其中显微激光的应用使得手术更加精细准确和彻底。

　　子宫内膜异位症合并不孕的患者，手术是否为首选治疗意见不一致，如对仅有色素沉着的极早期病变或小的异位灶，手术能否改善受孕率和减轻疼痛，意见也不一致。反对的意见认为表浅部位的手术非但无效，相反还会造成粘连等不良后果，且显微病灶又无法彻底清除。而主张施行手术治疗的意见则认为子宫内膜异位症患者不孕症的发病率确实高于正常妇女，及时施行腹腔镜检在确诊本病的同时，还可发现其他不孕的原因，并进行必要的治疗，如伴有疼痛者，则更应及早进行手术。