现代研究已经表明未经治疗的内膜异位症妇女其流产率高于无本病的妇女，但经治疗后的妇女其流产率似乎没有增加。其原因尚不清楚，已从内膜异位症妇女腹腔液中发现了一些对胚胎有毒性的化学物质。当然免疫系统的改变可能亦与流产率增加有关。